赔偿基金的资金主要是来自收取买卖香港交易所产品的投资者赔偿基金徵费 (「徵费」)。由2020年1月1日开始，投资者买卖在上海证券交易所或深圳证券交易所营办的证券市场交易及容许透过互联互通安排下的北向通传递买卖指示的证券亦须缴付徵费。目前证券交易的徵费是买卖双方各须缴付成交金额的0.002%。至於期货合约，合约每方的徵费为$0.5港元，小型期货合约及股票期货合约每方的徵费则为$0.1港元。简单而言，每宗$50,000港元的证券交易，双方分别需要缴付$1港元的徵费。

赔偿基金其他资金来源是来自投资收入，例如是银行存款所得的利息，以及来自联合交易所赔偿基金及商品交易所赔偿基金所转移的资金。

於2005年10月设立了一个暂停及恢复徵费的机制，当赔偿基金的资产净值超逾14亿港元时，便可暂停徵收徵费，其後当赔偿基金的资产净值跌至低於10亿港元时，便可恢复徵收徵费。

由2020年1月1日开始，暂停及恢复徵费的触发水平提高。暂停徵费水平提高至30亿港元，而恢复徵费水平提高至20亿港元。

自2005年12月起，徵费已经暂停。