賠償基金的資金主要是來自收取買賣香港交易所產品的投資者賠償基金徵費 (「徵費」)。由2020年1月1日開始，投資者買賣在上海證券交易所或深圳證券交易所營辦的證券市場交易及容許透過互聯互通安排下的北向通傳遞買賣指示的證券亦須繳付徵費。目前證券交易的徵費是買賣雙方各須繳付成交金額的0.002%。至於期貨合約，合約每方的徵費為$0.5港元，小型期貨合約及股票期貨合約每方的徵費則為$0.1港元。簡單而言，每宗$50,000港元的證券交易，雙方分別需要繳付$1港元的徵費。

賠償基金其他資金來源是來自投資收入，例如是銀行存款所得的利息，以及來自聯合交易所賠償基金及商品交易所賠償基金所轉移的資金。

於2005年10月設立了一個暫停及恢復徵費的機制，當賠償基金的資產淨值超逾14億港元時，便可暫停徵收徵費，其後當賠償基金的資產淨值跌至低於10億港元時，便可恢復徵收徵費。

由2020年1月1日開始，暫停及恢復徵費的觸發水平提高。暫停徵費水平提高至30億港元，而恢復徵費水平提高至20億港元。

自2005年12月起，徵費已經暫停。