隨著《證券及期貨條例》（「該條例」）於2003年4月1日實施，新的賠償安排亦已生效。投資者賠償有限公司是根據該條例第79（1）條成立及開始運作，並負責管理在該條例下成立的投資者賠償基金的運作。

由2003年4月1日開始，投資者賠償基金取代了聯合交易所賠償基金（「聯交所賠償基金」）及商品交易所賠償基金（「商交所賠償基金」）。聯交所賠償基金及商交所賠償基金之前分別由香港聯合交易所有限公司及香港期貨交易所有限公司負責管理，並只涵蓋交易所參與者的違責行為。投資者賠償基金現為單一的賠償基金，涵蓋交易所參與者及非交易所參與者，包括持牌中介人及認可財務機構的違責事項。

投資者賠償有限公司負責就2003年4月1日或之後發生的違責事項，負責接收、裁定及支付向投資者賠償基金提出的有效申索。